In einigen Regionen Bayerns ist das Trinkwasser aufgrund von Keimen immer noch nicht trinkbar und muss abgekocht werden. Besonders der Südwesten des Freistaats ist von dieser Maßnahme betroffen, neben Oberbayern. Unter anderem im Landkreis Augsburg und in anderen Orten müssen die Bewohner das Leitungswasser vor dem Verzehr abkochen. Auch im Unterallgäu und Schwaben besteht weiterhin die Anordnung, das Trinkwasser zu kochen.
Derzeit gilt in sieben Regionen Bayerns eine Abkochanordnung für das Trinkwasser. Betroffen sind unter anderem Nordendorf im Landkreis Augsburg, Leipheim im Landkreis Günzburg, Landau an der Isar im Landkreis Dingolfing-Landau, die Marktgemeinde Kaisheim, Ortsteile Sulzdorf und Gunzenheim im Landkreis Donau-Ries, Bad Staffelstein im Landkreis Lichtenfels sowie mehrere Gemeinden im Unterallgäu und die Marktgemeinde Peißenberg im Landkreis Weilheim-Schongau. In diesen Regionen muss das Wasser vor dem Gebrauch abgekocht werden.
Empfohlen wird, das Leitungswasser vor dem Trinken oder anderen Verwendungen einmal sprudelnd aufzukochen und dann etwa zehn Minuten abkühlen zu lassen. Die Verwendung eines Wasserkochers wird aus praktischen Gründen empfohlen. Beim Duschen, Händewaschen oder Geschirrspülen in der Spülmaschine bei einer Temperatur von mindestens 60 Grad und/oder Hitzetrocknung muss das Wasser dagegen nicht abgekocht werden. Die Dauer, für die das Trinkwasser abgekocht werden muss, ist derzeit noch unklar, da Proben untersucht werden, um festzustellen, ob keine Keime mehr vorhanden sind und die Abkochanordnung aufgehoben werden kann.